京都市伏見区深草鳥居崎町に鎮座。
御祭神は素盞鳴命、別雷命、日本武尊、応神天皇、仁徳天皇、神功皇后、武内宿禰、舎人親王、天武天皇、早良親王、伊豫親王、井上内親王。
神宮皇后摂政３年（203）創建と伝わっています。
例祭は5月5日で藤森祭と呼ばれています。
深草の地に祀られていた３つの神社を合わせ祀って現在の藤森神社が成立したと伝えられています。社伝によれば、神功皇后が三韓征伐より凱旋の後、深草の里・藤森の地を選んで纛旗（とうき）を立て、武具を納めて塚を作り、神々を祀ったことに始まるといわれています。
貞観２年（860）藤原良房が清和天皇を迎え、勅を奉じて「深草貞観の祭」を執り行ったのが藤森祭の始まりと伝えられ、菖蒲の節句発祥の祭ともいわれています。